"Войны" — самое крупное и самое известное произведение Прокопия. Состоит из восьми книг. Традиционно делится на три части: Война с персами (книги 1-2), Война с вандалами (книги 3-4), Война с готами (книги 5-8, но восьмая книга повествует обо всём понемногу). В этой книге подробно изложены все войны времён Юстиниана. Перед описанием самих войн Прокопий делает исторические экскурсы, часто малодостоверные. Сами войны описаны очень добросовестно. Прокопий был очевидцем большинства описываемых событий, и большинство событий переданы точно. Прокопий также был секретарём Велизария и ведал его перепиской; в сочинении приводятся письма Велизария, Юстиниана, Гелимера (король вандалов) и другие, которые считаются достоверными хоть и литературно переработанными. «Войны» читаются как своего рода исторический роман. «Войны» обладают художественными достоинствами, и иногда напоминают литературное произведение. Основной герой этого произведения — Велизарий, и повествование строится во многом вокруг него. Ради славы Велизария он иногда готов даже поступится описанием действительности.

В этом сочинении описаны естественно не только войны. Прокопий иногда отвлекается, вставляя в свой рассказ, то описания быта или происхождения какого-нибудь варварского племени (он кстати первый кто приводит имя славян, у него «склавины»), то рассказ о бунте Ника, то описание чумы 542 года. Прокопий писал не только по документам, а часто опирался на устную традицию, особенно когда описывал более давние времена. Это сочинение стало широко известным сразу после своего написания (после 555 года), и стало образцом для последующих эпох. Прокопия в Византии читали всегда.